TruSeq Amplicon - Cancer Panel（TSACP）

Illumina公司的泛癌panel通過高度多重靶向重測(cè)序方法，使用212個(gè)擴(kuò)增子靶向48個(gè)基因檢測(cè)癌癥基因組數(shù)百個(gè)突變熱點(diǎn)中的體細(xì)胞突變。適合臨床快速地發(fā)現(xiàn)、驗(yàn)證和篩選癌癥相關(guān)遺傳變異。

TSACP臨床應(yīng)用可行性驗(yàn)證文獻(xiàn)

文章驗(yàn)證了TruSeq Amplicon - Cancer Panel（TSACP）應(yīng)用臨床實(shí)驗(yàn)室的可行性

Validation of a Next-Generation–Sequencing Cancer Panel for Use in the Clinical Laboratory

Birgitte B. Simen, et al. doi: 10.5858/arpa.2013-0710-OA

文章背景：新一代測(cè)序的發(fā)展方便了小樣本多基因突變的高通量處理和高靈敏檢測(cè)。對(duì)于包括癌癥在內(nèi)的多種疾病，了解病人目標(biāo)基因全面的突變情況有助于護(hù)理、臨床試驗(yàn)以及進(jìn)一步研究。

目的：驗(yàn)證一個(gè)泛癌的高通量檢測(cè)是否適合臨床使用。

設(shè)計(jì)：從68份臨床樣本和5份正常對(duì)照中提取DNA。其中64份 用TruSeq Amplicon Cancer Panel（illumina公司）成功處理，運(yùn)行4次完成測(cè)序。數(shù)據(jù)使用4種不同filter設(shè)置分析（測(cè)序深度和突變頻率cutoff）。

結(jié)果 ：40個(gè)樣本構(gòu)建的文庫能在一次運(yùn)行中成功測(cè)序，并且測(cè)序深度足夠進(jìn)行穩(wěn)健的數(shù)據(jù)分析。使用臨床樣本和對(duì)照品的稀釋表明突變檢測(cè)靈敏度低至5%。檢測(cè)具備高重復(fù)性和可重復(fù)性，并且與臨床驗(yàn)證的Sanger測(cè)序結(jié)果100% 一致。使用 AmpliSeq Cancer Hotspot Panel（Thermo公司）做對(duì)比檢測(cè)，97% 的突變兩種panel都檢測(cè)到了。

結(jié)論：驗(yàn)證了TruSeq Amplicon Cancer Panel是一種高靈敏度、高通量的泛癌突變panel，作為癌癥相關(guān)42種基因熱點(diǎn)突變的檢測(cè)適合用于臨床檢驗(yàn)的常規(guī)使用。

方法和產(chǎn)品

DNA提取

血液和骨髓樣本DNA提取：QIAamp DNA Mini Kit （Qiagen公司）

FFPE樣本：QIAamp DNA FFPE kit （Qiagen公司）

FNA樣本：QIAamp DNA Micro Kit (Qiagen)

DNA定量 ：Qubit dsDNA BR assay（Thermo）

FFPE 和FNA樣本質(zhì)控：FFPE QC Kit（illumina）

擴(kuò)增子文庫制備：TruSeq Amplicon - Cancer Panel （illumina）

測(cè)序： MiSeq Reagent Kit（illumina）

Sanger測(cè)序等驗(yàn)證產(chǎn)品略

訂購信息

自備儀器：Miseq測(cè)序儀、Qubit 熒光定量?jī)x等

華雅旗下紅榮微再（上海）生物工程技術(shù)有限公司主營(yíng)醫(yī)療和細(xì)胞治療等產(chǎn)品。

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